提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
日媒:安倍枪击案嫌疑人收到大量钱款和慰问品******
中新网1月10日电 据日本共同社9日报道,枪杀日本前首相安倍晋三的嫌疑人山上彻也陆续收到许多慰问品。其中,现金超过100万日元。网上还举行要求减刑的签名活动,也有人发帖将其视为“英雄”。
- 当地时间2022年7月10日上午9时左右,日本警方将罪名改为杀人嫌疑将41岁的山上徹也移交奈良县地方检察院。因枪击日本前首相安倍晋三,山上徹也于7月8日因涉嫌杀人未遂被捕。
据嫌疑人的伯父称,对山上进行鉴定拘留的大阪拘留所(大阪市)收到食物、衣服、书籍、现金等。数量据称“多到单独关押山上的房间都放不下”。
还有签名网站举行了要求减刑的签名活动。据悉,目前签名人数已超过1万,甚至有人称“山上是受害者”。
对此,从大阪府高槻市造访奈良市枪击现场的护理福祉士中村圭介(46岁)评论称:“安倍被人用无理的方式夺去了性命。将(山上)视为英雄是错误的。”
此前报道称,2022年7月8日,安倍晋三在奈良市一车站附近发表演讲时中枪不治身亡,终年67岁。
日本奈良县地方检察厅表示,根据精神鉴定结果,山上彻也具有刑事责任能力,拟定于2023年1月13日以杀人罪对他进行正式起诉。
日本检方认为,山上彻也的精神鉴定结果显示,他并未患上会影响是非判断能力的精神疾病。此外,山上彻也制定了袭击计划,包括自制枪支、调查安倍的行程等。据此检方认为山上彻也应该被追究刑事责任。
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